Challenge Mode-Option:
Wenn man das Spiel an irgendeinem Punkt speichert wird die "Challenge Mode"-Option im Hauptmenü freigeschaltet. Wenn man diese Option wählt, kann man einen der bereits geschafften Abschnitte noch einmal in einer Art Zeitattacke-Modus spielen. Ziel ist soviele Pikmins wie möglich vor dem Sonnenuntergang sammeln.